Od svého zavedení v 70. letech 20. století prošla mikrobiální analýza neustálým vývojem a zdokonalováním. Zpočátku se mikrobiální analýza používala hlavně pro detekci vzorků životního prostředí a později se postupně rozšířila do oblasti medicíny, zemědělství, bioinženýrství atd. S neustálým pokrokem v biotechnologii byla mikrobiální analýza také neustále inovována a zdokonalována a stala se důležitou analytická metoda.
